Afin de s’assurer que ces éléments ne perturbent pas la qualité du milieu naturel, la CDA réalise un suivi de la qualité des eaux de son littoral dans lesquelles se déversent, directement ou indirectement, les stations d’épuration, les rejets industriels et urbains. Il a pour but de s’assurer que les usages du milieu ne sont pas mis en péril.

Deux autres suivis ciblent particulièrement les rejets des stations d’épuration de Port Neuf et de Châtelaillon-Plage, les plus importantes, qui rejettent en milieu marin.

Concernant les composts de boues, ils sont épandus, après neutralisation, sur des terres agricoles. Des contrôles et analyses très complètes sont effectués à chacune des étapes de cette opération afin de s’assurer de la qualité du produit épandu.
Les eaux usées sont alors complètement recyclées.